企业在内部控制评价中，应对内部控制缺陷进行分类分析。内部控制缺陷一般可分为设计缺陷和运行缺陷。
设计缺陷是指缺少为实现控制目标所必需的控制，或现存控制设计不适当、即使正常运行也难以实现控制目标。
运行缺陷是指现存设计完好的控制没有按设计意图运行，或执行者没有获得必要授权或缺乏胜任能力以有效地实施控制。
企业对内部控制评价过程中发现的问题，应当从定量和定性等方面进行衡量，判断是否构成内部控制缺陷。存在下列情况之一，企业应当认定内部控制存在设计或运行缺陷：
未实现规定的控制目标；未执行规定的控制活动；突破规定的权限；不能及时提供控制运行有效的相关证据。
企业应当根据内部控制缺陷影响整体控制目标实现的严重程度，将内部控制缺陷分为一般缺陷、重要缺陷和重大缺陷（也称实质性漏洞，以下统称重大缺陷）。
重大缺陷，是指一个或多个一般缺陷的组合，可能严重影响内部整体控制的有效性，进而导致企业无法及时防范或发现严重偏离整体控制目标的情形。
重要缺陷，是指一个或多个一般缺陷的组合，其严重程度低于重大缺陷，但导致企业无法及时防范或发现偏离整体控制目标的严重程度依然重大，须引起企业管理层关注。
内部控制评价机构和管理层应当合理确定相关目标发生偏差的可容忍水平，从而对严重偏离的情形予以确定。
企业判断和认定内部控制缺陷是否构成重大缺陷，应当考虑下列因素：
影响整体控制目标实现的多个一般缺陷的组合是否构成重大缺陷；针对同一细化控制目标所采取的不同控制活动之间的相互作用；针对同一细化控制目标是否存在其他补偿性控制活动。
企业应当根据内部控制评价过程中发现的内部控制缺陷，督促相关单位或部门进行整改，并对整改结果进行核查和确认。
对于为实现单个或整体控制目标而设计与运行的控制不存在重大缺陷的情形，企业应当认定针对这些整体控制目标的内部控制是有效的。对于为实现某一整体控制目标而设计与运行的控制存在一个或多个重大缺陷的情形，企业应当认定针对该项整体控制目标的内部控制是无效的。
对于因业务流程外包等原因造成企业无法评价特定业务、特定流程的内部控制有效性的情形，内部控制评价机构应当充分考虑该项业务流程及其相关控制的重要性，确定其对整体控制目标有效性评价的影响。
