（五）检查监督
《上交所指引》第四章为“内部控制的检查监督”，包括第二十二条至第二十九条，主要说明检查形式、检查监督部门、检查监督办法、检查监督计划、检查监督工作报告、检查监督工作指导、追踪改进、资料保存；《深交所指引》第四章为内部控制的检查和披露，包括第五十九条至第六十七条，主要说明对设立内审部门、内控自查、内控检查、自我评估、独立审计、纳入考核、报告和披露、存档保存。
两个指引本章的内容不一致，《深交所指引》包括了披露内容。就检查监督而言，两个指引的内容基本一致，突出都明确了检察监督机构、检查内容、自我评估、独立审计、纳入考核、资料保存等重要内容。不同的地方是《上交所指引》明确检查监督机构是专门职能部门，《深交所指引》进一步明确了检察监督的机构就是审计部门，并对董事会负责。《上交所指引》明确公司应对内控制度的落实情况进行定期和不定期的检查，公司应制定内部控制检查监督办法，公司应根据自身经营特点制定年度内部控制检查监督计划，公司董事会对内部控制检查监督工作进行指导，《深交所指引》没有此方面的规范。但《深交所指引》突出了内控自查、内控检查、自我评估、独立审计的内容。
（六）信息披露
《上交所指引》第五章为“内部控制的信息披露”，包括第三十条至第三十三九条，主要说明重大缺陷报告及公告、自我评估报告等；《深交所指引》第四章为内部控制的检查和披露，同检查监督的内容合在一起了。
两个指引本章的内容不一致，《深交所指引》披露的内容放在检查监督一章中。就相关内容而言，两个指引的内容基本一致，《上交所指引》明确公司内部控制自我评估报告内容，《深交所指引》明确独立审计及专项说明的内容。
（七）附则
《上交所指引》第六五章为“附则”，包括第三十四条至第三十五条，主要说明了解释权和实施时间；《深交所指引》第五章为附则，包括第六十八条至第七十条，主要说明了触发依据、解释权和实施时间。
两个指引本章的内容结构基本一致，《上交所指引》实施时间2006年7月1日，《深交所指引》自2007年7月1日起施行，并明确公司及其有关人员违反本指引规定，本所参照《上市规则》有关规定给予处分。
（八）我国上市公司内部控制标准的统一问题
从上面的简要分析看，《上交所指引》和《深交所指引》的确有一致的地方，但也有不同之处。上市公司的内部控制因行业、规模等的不同而不同，但监管要求不能因交易场所的不同。两个指引制定者为了不雷同费了不少劲，有些只是提法不同，这显然是资源的浪费。同样是我国的上市公司,因交易地不同而要执行不同内部控制标准，这显然不合理。对内部控制评价工作者来说，就更是无法适从，对不同交易地上市公司要选用不同的内部控制的评价标准，这是不公正的。因此，应该统一我国上市公司内部控制的标准，进而统一上市和非上市公司的内部控制标准。这项艰巨而长期的使命只有国务院内部控制标准委员会来完成了。
